首先，次氯酸钠消毒杀菌主要的作用方式是经过它的水解作用构成次氯酸，次氯酸再进一步合成构成重生态氧[O],重生态氧的极强氧化性使菌体和病毒的蛋白质变性，从而使病原微生物致死。依据化学测定，次氯酸钠的水解会受pH值的影响，当pH超越9.5时就会不利于次氯酸的生成。而关于ppm级浓度的次氯酸钠在水里简直是完整水解成次氯酸，其效率高于99.99%.其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不只可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可浸透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸和酶等发作氧化反响或毁坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死亡，从而杀死病原微生物。
同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改动细菌和病毒体的浸透压，使其细胞丧失活性而死亡。影响次氯酸钠消毒杀菌作用的要素①PH:PH值对次氯酸钠消毒杀菌作用影响大。PH值愈高，在碱性环境下次氯酸钠以次氯酸根的形态存在，其消毒杀菌作用愈弱，PH值降低，其消毒杀菌作用加强。
浓度：在PH、温度、有机物等不变的状况下，有效氯浓度增加，杀菌作用加强。温度：在一定范围内，温度的升高能加强杀菌作用，此现象在浓度较低时较明显。有机物：有机物能耗费有效氯，降低其杀菌效能。水的硬度：水中的Ca+、Mg+等离子对次氯酸盐溶液的杀菌作用没有任何影响。氨和氨基化合物：在含有氨和氨基化合物的水中，游离氯的杀菌作用大大降低。
